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L'elettroforesi su gel separa frammenti di DNA in base alla loro dimensione. Il principio di base è quello di un setaccio molecolare attraverso il quale le molecole di DNA vengono fatte passare mediante un campo elettrico. Frammenti di lunghezza minore sono meno ostacolati nella loro corsa attraverso le maglie del gel per cui si muovono a velocità maggiore rispetto a frammenti più lunghi. Alla fine di una corsa elettroforetica, quindi, frammenti più piccoli si troveranno nella parte bassa del gel mentre i frammenti più grossi saranno localizzati nella parte prossima al punto di caricamento. In condizioni standard la mobilità elettroforetica di molecole di DNA è proporzionale al logaritmo della loro massa. I gel comunemente usati per queto tipo di separazione sono di agarosio o poliacrilamide.
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