Polimorfismo delle sequenze ITS

Le sequenze ITS (Internal Transcribed Spacer) sono sequenze spaziatrici situate tra i geni degli RNA ribosomali 18S e 28S. Come mostra la figura, le due sequenze ITS1 e ITS2 sono separate dal rDNA 5.8S. In vivo, le sequenze ITS vengono excise dall'RNA in un processo di splicing post-trascrizionale.

Siccome le sequenze ITS non codificano per un prodotto genico, sono soggette ad una elevata variabilità di sequenza che genera polimorfismo. Questa variabilità è spesso associata alla presenza o assenza di siti di restrizione e può essere sfruttata per il riconoscimento di specie tramite PCR-RFLP.
Inoltre, la loro localizzazione tra geni altamente conservati (18S e 28S) permette l'utilizzo di primers uguali tra specie diverse o organismi diversi (primers universali).
Nella presente analisi di identificazione di tartufi di specie diverse viene utilizzato il frammento di DNA (~600 bp) costituito dalle sequenze ITS1, 5.8S rDNA e ITS2. Questo frammento viene amplificato per PCR utilizzando i primers ITS1 e ITS4.

Primer ITS1
5'-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3'

Primer ITS4
5'-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3'